伴隨著的病理實驗室中產生的廢氣、廢液以及醫療垃圾(Rubbish)等有害物質的排放、環境污染和防火等問題(Emerson)同樣受關注。PCR實驗室結構和設施、安全操作規程、安全設備適用于對健康成年人已知無致病作用的微生物，如用于教學的普通微生物實驗室等。PCR實驗室國家實驗室代表國家最高水平，是按國際一流標準建立的，規模非常大，基本包括本學科領域所有研究方向，而且人員配備上要求面向國內外招聘最優秀的研究人員，直接參與國際競爭，往往是多學科交叉的創新平臺。加強實驗室廢氣、廢液和醫療垃圾等的排放、收集和處理(chǔ lǐ)等規范和管理工作，有利于改善工作環境，避免環境污染，維護公共安全和保障(起保障作用的事物)實驗室工作人員的身體健康。
病理實驗室建設之環境設計：
病理實驗（experiment)室的工作區域主要分為污染區、半污染區和非污染區，這些區域應明確分開做到既相互聯系又互不干擾和污染。 
（1）污染區：污染源主要是臨床送檢的標本和屬于危險品的化學試劑。接收送檢的標本的收發室、取材室、儲存室、冰凍切片制作室、細胞學涂片制作室和尸 檢解剖室都屬于污染區，應安裝紫外燈等消毒裝置，每天進行消毒；安裝良好的通風設施(shè shī)，將甲醛(Formaldehyde)(aldehyde)等有害廢氣排出。 
（2）半污染區：污染源主要屬于危險品的化學試劑。PCR實驗室國家實驗室代表國家最高水平，是按國際一流標準建立的，規模非常大，基本包括本學科領域所有研究方向，而且人員配備上要求面向國內外招聘最優秀的研究人員，直接參與國際競爭，往往是多學科交叉的創新平臺。制片技術室包括組織處理(chǔ lǐ)實驗（experiment)室、組織包埋實驗室、石蠟組織切片室、HE染色和其他染色實驗室以及一些相關技術實驗室、病理診斷室、組織切片和蠟塊儲存室、大體標本制作室和陳列室等屬于半污染區，應安裝良好的通風設施，將有害廢氣排出。 
（3）非污染區：非污染區不應有生物性和化學性的污染物存在，但也應該安裝良好的通風設施，保持室內空氣新鮮。（文字檔案室、攝影室、辦公室和休息室等屬于非污染區）